Kaptajnløjtnant Mike Dahlgren (Bill Paxton) er skipper på ubåden S-33 og Løjtnant Andrew Tyler (Matthew McConaughey) er den øverste officer under Dahlgren. Med dem følger blandt andre Løjtnant Pete Emmet (Jon Bon Jovi), Chief Klough (Harvey Keitel) og en håndfuld unge sømænd. De har kurs mod deres farligste mission nogensinde - en mission, der måske kan vende krigen og ændre historien... Ubåden erbygget om, så den ligner en nazi ubåd. Det er meningen, at S-33 skal mødes med en havareret tysk ubåd. Ombord på den tyske ubåd befinder sig et eksemplar af den tophemmelige kodningsmaskine ENIGMA, der kan hjælpe de allierede med at afkode tyskernes interne meldinger. Hvis alt går som planlagt, skal ubåden sprænges i luften, fangerne tages med til USA, og tyskerne efterlades i troen, at ENIGMA er gået tabt. MEN sådan kommer det ikke til at gå...